王震告诉财新记者，原先北京友谊医院等5家医院率先试点“医药分开”时，曾形成价格洼地，很多患者冲着取消药品加成之后的低药价来试点医院看病，弥补了药品加成取消后的部分医院收入，全面推开后医院不再能“走量”，需通过其他途径维持收支平衡。
与前期5家医院试点相比，新发布的北京《方案》 不仅强调全面推进医药分开，还提出调整医疗服务价格，并健全公立医疗机构费用、关键绩效指标监测体系，推进以按病种付费为主，按人头付费、按服务单元付费、按疾病诊断相关组付费等为补充的复合型付费方式改革，这将从激励机制和监督机制两方面入手，引导医疗机构控制成本和医疗费用。
但据知情人士透露，医疗服务价格调多少，怎么调，这在《方案》出台前，曾在北京医管局和医院之间存在分歧。该知情人士表示，医疗服务项目有几千项，由行政部门决定作哪些调整恐与实际情况脱节，但又不能完全交给医院自己决定，因为医院肯定会以自身利益最大化为标准。
而自新医改推进以来，公立医疗机构的财政补贴问题一直被视为改革最难点，此次北京改革能否有所突破有待观察。目前，全国绝大部分医疗机构是公立医疗机构，一方面政府强调公立医疗机构的公益性，医疗服务价格等无法完全参照市场标准，另一方面政府没有财力，给予医疗机构足够补贴，弥补公立医疗机构收入，许多学者认为，这二者之间的矛盾不解决，医改效果将很有限。
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